細(xì)胞的分化及其功能的控制， 主要在細(xì)胞核內(nèi)，而大部分反應(yīng)性代謝和合成的活動(dòng)卻在細(xì)胞質(zhì)中。用光學(xué)顯微鏡所見(jiàn)到的細(xì)胞質(zhì)，似乎是無(wú)結(jié)構(gòu)的基質(zhì)，故稱(chēng)為基質(zhì)或細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)，細(xì)胞器和包涵物懸浮其中。不同生理功能的細(xì)胞特化，常常反映在它們的形狀和大小，及其所含的細(xì)胞器和包涵物的不同數(shù)量和種類(lèi)上。

光學(xué)顯微鏡下常見(jiàn)的細(xì)胞器（線粒體、高爾基體、動(dòng)質(zhì)），開(kāi)始被描述為顆粒、絲和膜等，意味著它們是實(shí)心結(jié)構(gòu)，現(xiàn)用電子顯微鏡顯示，這些熟悉的細(xì)胞器和一些新發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞器，都是由脂蛋白薄膜圍成邊界的中空結(jié)構(gòu)，有的具有復(fù)雜的內(nèi)部構(gòu)造。

機(jī)體的重要生理學(xué)過(guò)程，大多發(fā)生在細(xì)胞的表面和界面上。細(xì)胞內(nèi)有幾千種起催化作用使之產(chǎn)生特殊化學(xué)轉(zhuǎn)化過(guò)程酶，合理而有規(guī)律地居于這些膜內(nèi)，在那里，這些參與發(fā)生在細(xì)胞器和細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)之間的界面上或是細(xì)胞和它周?chē)h(huán)境之間的界面上的反應(yīng)。由有界膜的細(xì)胞器面形成之細(xì)胞質(zhì)內(nèi)的分隔狀態(tài)，擴(kuò)大了細(xì)胞內(nèi)生理學(xué)活性界面的面積，無(wú)疑地能促進(jìn)細(xì)胞內(nèi)各種復(fù)雜化學(xué)反應(yīng)的效率。